客室は、無駄を削ぎ落としながらも上質な落ち着きを感じさせるモダンなインテリアで統一されています。シモンズ社製などの高品質なベッドが導入されており、観光や仕事で疲れた身体をしっかりと休めることができます。
滞在の快適性を左右するホテルヴィラフォンテーヌ東京上野御徒町のアメニティは、フロント周辺のアメニティバーから必要なアイテムを自由に選ぶスタイルが採用されています。歯ブラシ、ヘアブラシ、カミソリといった基本アイテムはもちろん、スキンケア用品や各種ティーバッグまで揃っており、急な宿泊でも不自由を感じさせません。
客室内には個別空調、加湿機能付き空気清浄機、高速Wi-Fi、広めのライティングデスク、電源コンセントおよびUSBポートが機能的に配置されています。バスルームも清潔感が行き届いており、深めのバスタブでゆったりと湯船に浸かれる点も多くの宿泊記で高く評価されています。