具体的な待遇やルールにも明確な差がある。総理大臣の任期には法的な制限がなく、国会の信任がある限り（そして衆議院議員としての身分がある限り）何年でも務めることができる。一方、自民党総裁の任期は党則によって「1期3年、連続3期まで」のように制限が設けられている。
給与についても異なる。総理大臣は国家公務員の特別職として法律に基づき月給やボーナスが支払われるが、総裁としての活動費や手当は政党交付金や党費などから賄われる。選出プロセスにおいても、総理大臣は国会議員による投票で決まるのに対し、総裁は党員・党友投票と所属国会議員の投票の合算で決まる点が大きく異なる。
