かつて高校野球界を席巻した名門がなぜ表舞台から姿を消したのか。その直接の引き金となったのは、2010年代初頭から相次いだ暴力不祥事と、それに伴う指導陣の不在でした。
報道各社の取材記録によると、2013年2月に研志寮（野球部専用寮）内で発生した上級生から下級生への暴力事案を受け、日本学生野球協会から6カ月間の対外試合禁止処分が下されました。この責任を取って当時の監督が退任。しかし、後任の指導者が決まらないまま事態は泥沼化します。学園側は「宗教法人の理念を理解した教員の中から監督を選任する」という方針を崩さず、野球経験のない当時の校長が登録上の監督としてユニフォームを着てベンチ入りする異例の事態が生じました。
指揮官不在による混乱が続く中、学園を運営する学校法人PL学園は2014年秋、翌2015年度からの硬式野球部員募集停止を電撃発表します。そして2016年7月15日、第98回全国高校野球選手権大阪大会の対東大阪大柏原高校戦で敗退。当時残っていた3年生部員12名が最後の夏を終え、同日をもって野球部は活動停止（休部）へと突入しました。
ここで重要なのは、「廃部」と「休部」の法的な違いです。高野連から完全に登録を抹消する廃部手続きを取った場合、再開時には新規加盟校としての再審査が必要となります。しかしPL学園側は高野連に休部届を提出する形をとっており、名目上は「部員受け入れを再開すれば即座に復帰できる権利」を残しています。実質的な活動実態はゼロでありながら、形式上は復活の余地を意図的に残した措置と分析されています。
