下関・長府エリアにおける医療の中核を担う同センターは、急性期から回復期、予防医療までをカバーする強固な診療部門を誇ります。
病院組織の全体像を示す関門医療センター 診療科一覧には、内科、循環器内科、消化器内科、呼吸器内科、外科、整形外科、脳神経外科、心臓血管外科、小児科、産婦人科、皮膚科、泌尿器科、眼科、耳鼻咽喉科、放射線科、麻酔科、リハビリテーション科など多彩な専門領域が並びます。これらの陣頭指揮を執る関門医療センター 院長 医師紹介のプロフィールからは、各学会の専門医・指導医を多数擁し、学術的根拠に基づいたチーム医療を推進している姿勢が読み取れます。
特筆すべき専門拠点として地域内外から注目を集めているのが関門医療センター 人工関節センターです。変形性股関節症や変形性膝関節症に対し、筋肉や腱の切開を最小限に抑える最小侵襲手術（MIS）や先進的なナビゲーション支援手術を導入。術後の痛みの軽減と早期離床を実現し、併設された充実のリハビリテーション施設によって、短期間での社会復帰を支援する体制が高く評価されています。
また、病気の早期発見を担う関門医療センター 健診センター 予約窓口では、日帰り人間ドックや生活習慣病予防健診、各種がん検診の個別プログラムを提供しています。健診センターは完全予約制となっており、Webまたは専用電話での事前申し込みが必要です。
突発的な急病や事故に際しては、24時間365日体制で機能する関門医療センター 救急外来 電話番号（病院代表：083-241-1199）へ事前に連絡を入れる必要があります。救急車による搬送患者だけでなく、夜間・休日の時間外ウォークイン受診にも対応していますが、当番医の専門性や混雑状況によって受け入れ態勢が変動するため、来院前の電話確認が必須です。
