現在の駅構造は2面3線の地上ホームを有しており、改札口にはSuica対応の自動改札機と「話せる指定席券売機」が設置されています。駅構内の詳細な動線を示す常陸多賀駅構内図を確認すると、ホーム間を結ぶ跨線橋にはエレベーターが完備されており、車椅子やベビーカー、大きなスーツケースを持つ利用者も安全に移動できます。
旅行者やビジネス客から問い合わせの多い常陸多賀駅のコインロッカーは、改札外の待合スペース付近に設置されています。標準的なSサイズから中型キャリーバッグが入るMサイズまで揃っており、日立市内での商談や観光時に身軽に行動したい際に重宝します。
駅舎内には冷暖房完備の待合室や誰でも利用できる多機能トイレが配置されており、電車の待ち時間を快適に過ごせる配慮がなされています。茨城県日立市多賀町の玄関口として、長年培われてきた使いやすさと清潔感が維持されています。
