ネット上の情報では「チョコバナナは作り置きして冷凍庫で長期保存できる」という言説が見受けられますが、これは半分正しく、半分は誤解です。
バナナは冷凍すると細胞壁が破壊されます。解凍時に水分（ドリップ）が一気に流出し、外側のチョコレートがふやけて剥がれ落ち、バナナ自体も黒くドロドロに変色してしまいます。冷凍保存する場合は「解凍せずにフローズンアイスとして食べる」ことが絶対条件です。
冷凍保存の適正期間はラップで密閉した状態で約1週間〜10日が限界です。それ以上経過すると冷凍焼けを起こし、バナナ特有のフルーティーな風味が損なわれます。また、冷蔵保存の場合でもバナナから発生するエチレンガスと結露によってチョコの艶が失われるため、調理後当日中（理想は3〜4時間以内）に食べ切るのが最も美味しい状態を保つ秘訣です。
