利便性が向上した一方で、課題として残るのが関西・中京圏からのアクセスです。かつて大阪や名古屋から金沢・富山へ直通していた特急「サンダーバード」や「しらさぎ」は、すべて敦賀駅止まりとなりました。
現在、関西方面から北陸へ向かう旅客は、敦賀駅の特設ホームで新幹線「つるぎ」への乗り換えを強いられます。乗り換え時間は約8分とスムーズに設計されていますが、「座席の移動が面倒」「料金が実質的に値上がりした」という不満の声も一部で根強く存在します。この「敦賀乗り換え問題」は、2026年現在も旅行者の間で議論の的となっています。