現在、木ノ葉丸は第八代目火影となった奈良シカマルを支える「火影補佐」という重責を担っている。かつての無邪気な少年は、今や里の命運を左右する最高幹部の一人だ。しかし、その立場こそが彼を最前線の死地へと立たせる要因となっている。
特に読者を震撼させているのが、意思を持った「神樹」の脅威だ。十尾から派生したこれらの人型捕食体は、標的のチャクラだけでなく存在そのものを狙い撃ちにする。大切な仲間や部下が次々と神樹の標的となり、木質化という生殺しの状態に追いやられる中、木ノ葉丸自身もまた絶対的な強者との直接対峙を余儀なくされた。この圧倒的な戦力差こそが、絶望的な死亡説の引き金となった。