現地取材および各種ポータルサイトやSNSにおける藤子不二雄ミュージアムの口コミ評判を精査すると、評価は決して一様ではなく、驚くほど二極化しています。
まず、低評価をつけたユーザーからは次のような率直な意見が見られます。
「ドラえもん好きの3歳の息子を連れて行ったが、原画コーナーが暗く、静かに歩かせるだけで手一杯だった。走り回れる場所は屋上の原っぱくらいで、滞在1時間で退屈して泣かれてしまった」（30代母親・体験談）
「写真が撮れる場所が中庭や屋上の一部に限られていて残念。原画の解説文も大人向けで、小さな子ども連れのお出かけスポットとしてはハードルが高かった」（20代夫婦・SNS投稿）
一方で、藤子不二雄ミュージアムに行ってよかったというネットの反応は熱烈なものが目立ちます。特に作品への愛着を持つ層や、漫画・アニメの制作背景に興味を持つ人々からは絶賛の声が寄せられています。
「先生が実際に描いた生原稿のホワイト（修正液）の跡や、鉛筆の下書き線、温かみのある彩色を間近で見られるだけで涙が出そうになった。音声ガイドの解説も濃密で、大人こそ行くべき知の殿堂」（40代男性・レビュー）
「ここだけでしか上映されないFシアターのオリジナル短編映画が素晴らしかった。館内のいたるところに隠されたキャラクターのシルエットや案内サインの細工など、スタッフの愛が随所に詰まっていて3時間があっという間だった」（30代女性・ブログ手記）
このように、「静的な展示から豊かな背景を読み取れるかどうか」が評価の決定的な分水嶺となっています。
