グラフィックと並び、本作の評価を決定づけているのが天才作曲家デビッド・ワイズ（David Wise）氏による音楽です。とりわけ水中ステージで流れる名曲『Aquatic Ambiance（水生環境）』は、ゲーム音楽の枠を超え、現代のチルアウトやアンビエント・ミュージックの先駆けとして世界中の音楽評論家から絶賛を浴びています。
スーパーファミコンの音源チップ（S-SMP）に割り当てられた波形メモリは、わずか64キロバイト。これは現代のスマートフォンで撮影する写真1枚の何十分の1という極小サイズです。ワイズ氏はこの極限の制約下で、波形データを緻密に切り詰め、ディレイ（やまびこ効果）やフィルターの錯視ならぬ「錯聴」効果を巧みにプログラム。限られたチャンネル数とは思えない重層的で透明感あふれる音空間を構築しました。
ジャングルのざわめきを再現したパーカッション、洞窟ステージの不穏な金属音、吹雪の猛威を肌で感じるシンセサウンドなど、プレイヤーの感情とステージ環境を完全に同調させる音響心理学的アプローチは、今なお色褪せない芸術的境地へと達しています。
