グリコ森永事件における最大の謎は、「脅迫によって一度も身代金の受け取りに成功していない（奪取した現金が確認されていない）にもかかわらず、なぜ莫大な活動資金を投じて長期間犯行を継続できたのか」という点です。ここから浮上したのが複数の黒幕説です。
特に有力視されたのが「株価操作（インサイダー取引）説」です。標的となった江崎グリコや森永製菓の株価は、脅迫状の送付や毒物混入の報道があるたびに急落し、犯人グループが終息宣言を出すと急反発しました。犯行グループが事前に空売りを仕掛け、底値で買い戻すことで巨額の利益を市場から掠め取っていたとすれば、現金の受け渡し現場で捕まるリスクを冒す必要がなかった説明がつきます。
さらに、以下の仮説も長年にわたり検証されています。
- 企業怨恨・総会屋関与説：過去の労使紛争や同和問題、取引停止などを巡る恨みが発端となり、裏社会の実力者が糸を引いていたとする説。
- 元警察官・特殊工作員関与説：警察無線の周波数を瞬時に割り出し、捜査本部の動きを先回りしていた完璧な防諜体制から、警察内部の事情を知り尽くした人物の関与が疑われた説。
- 北朝鮮工作員・対外工作説：社会不安を煽る目的での謀略工作とする説。
これら無数の思惑と構造が複雑に絡み合った結果、単一の動機では説明のつかない巨大な犯罪組織網が形成され、迷宮入りへとつながったとみられています。
