宗教法人法に基づき設立された法人は、その活動エリアと組織形態によって明確に区分されています。2026年最新宗教統計調査（文化庁編纂）によると、日本国内の認証宗教法人数は約18万法人にのぼります。この膨大な法人は、所轄庁の違いによって大きく2種類に分類されます。
1つ目は、複数の都道府県にまたがって境内建物や包括組織を持つ文部科学大臣所轄宗教法人です。全国に末寺や支部を持つ包括宗教法人（伝統仏教宗派の本山や神社本庁、大規模な新宗教本部など）がこれに該当し、全国規模の宗教政策や指導権を担っています。2つ目は、単一の都道府県内にのみ境内建物を有する都道府県知事所轄宗教法人で、地域密着の単位寺院や個別の神社、教会など、国内法人の大多数（約98%以上）がこちらに属しています。
また、組織の指揮系統としては、上位の宗派や本庁に属する「包括下法人（被包括宗教法人）」と、いかなる上位団体にも属さない独立した「単立宗教法人」が存在します。この所轄と系列の違いを把握することが、複雑な宗教法人網を理解するための第一歩となります。
