寺社巡りや街歩きにおいて、目の前にある施設がお寺なのか神社なのかを瞬時に判別するポイントは、入口の構造と祀られている対象にあります。
まず入口のシンボルとして、鳥居（とりい）があれば神社です。鳥居は神様が鎮まる神域と人間が暮らす俗界を分ける「結界」の役割を果たしています。一方、お寺の入口に構えられているのは山門（さんもん）です。中国山岳寺院の伝統に由来し、仏道修行の場への入り口を意味しており、門の両脇に仁王像（金剛力士像）が安置されているケースも多く見られます。
祀られている中心的な対象にも決定的な違いがあります。お寺で祀られているのは仏像です。釈迦如来、阿弥陀如来、薬師如来、観音菩薩など、実在した釈迦の教えや仏教の救済観に基づき、拝む対象の姿が目に見える形（具象）として彫刻や絵画で表現されています。
これに対して神社では、神様そのものの姿を見ることはできません。神社が祀るのは御神体（ごしんたい）であり、鏡、刀剣、勾玉などの神宝や、背後にそびえる山、巨石（磐座）、御神木などの自然物が神の依り代（宿る場所）として本殿の奥深くに秘置されています。神道は目に見えない自然の気配や万物の霊性に神性を見出すため、偶像を拝むのではなく「依り代を通じて神前に向き合う」という構造をとっています。
また、そこに仕える人物にも明確な区分があります。お寺にいるのは出家して戒律を守り、仏道修行や教えを説く僧侶（住職）です。対して神社に奉仕するのは、祭祀を執り行い祝詞を奏上して神と人との間を取り持つ神職（宮司・禰宜）や巫女です。衣装や髪型、儀礼の所作も全く異なります。
