使徒の正体を紐解くための鍵は、劇中の先史文明「第一始祖民族」にある。遥か昔、彼らは自らの種族の絶滅を前に、生命の種を載せた数々の「月」を宇宙へ放出した。その種こそが、生命力に満ちた「アダム」と、知恵を司る「リリス」だ。
本来なら、ひとつの惑星に配備される種はひとつだけという鉄の掟が存在した。しかし地球には、最初に漂着したアダム(白き月)に続き、不慮の事故「ジャイアントインパクト」によってリリス(黒き月)までが漂着してしまう。この想定外の重なりこそが、地球における生命の運命を大きく狂わせる原因となったのだった。