現在の建物は、平成3年（1991年）に大垣城天守を模して建設された鉄筋コンクリート造の模擬天守ですが、館内の展示内容は秀吉の出世譚と墨俣の歴史に特化した充実のラインナップとなっています。
1階〜2階：秀吉の墨俣築城と合戦史の再現
館内に入ると、墨俣築城のジオラマや当時の合戦屏風の複製、土豪・川並衆に関する古文書レプリカが並びます。特に、川を利用した資材運搬の立体模型は、秀吉がいかに地理的利点を活かして奇襲的に拠点を構築したかを視覚的に理解できる構造になっています。
3階〜4階：墨俣宿の歴史と地域の民俗文化
墨俣は中世の軍事拠点であると同時に、江戸時代には美濃路の重要な宿場町「墨俣宿」として栄えました。脇本陣の記録や、氾濫を繰り返した木曽三川の水害と戦ってきた人々の治水史など、地域に根差した深みのある歴史資料が展示されています。
5階（最上階）：360度パノラマ展望室
最上階からは、長良川・犀川の流れとともに、金華山山頂にそびえる岐阜城や伊吹山、遠く養老山地までを一望できます。「秀吉がここから敵城である岐阜城を見据えていた」という位置関係を体感できる絶好のビュースポットです。
また、資料館のすぐ隣には秀吉を祀る「豊受神社（墨俣一夜城址碑）」や、金瓢箪に願い事を書いて奉納する「出世ひょうたん掛け」があり、多くの参拝者が開運・出世祈願を行っています。
