関ヶ原の敗戦によって大谷家は改易となり、嫡男の大谷吉治(吉勝)も大坂の陣で討ち死にしたため、大谷家は断絶したと思われがちです。しかし、その血筋は巧妙な形で現代まで連綿と受け継がれてきました。
吉継の娘(竹林院)は、戦国屈指の英雄である真田信繁(幸村)の正室となっていました。信繁との間には真田大助(幸昌)や真田守信(大八)らが生まれ、大坂落城後に守信は仙台藩の伊達家に匿われて「仙台真田家」の祖となりました。この仙台真田家を通じて吉継の血脈は江戸時代を生き抜き、現代の子孫へと繋がっています。
また、吉継の甥や親族が各地に逃れて家名を残した伝承も福井県や滋賀県、石川県などに点在しており、近年では地元保存会による供養祭や歴史資料の再調査が活発に行われています。大谷吉継という存在は、単なる敗軍の将ではなく、一族の血と誇りを後世に遺した知勇兼備の武将として語り継がれているのです。