施設名に「富士山」を冠している通り、東横INN富士山三島駅の富士山眺望は大きなセールスポイントです。しかし、すべての部屋から富士山が見えるわけではありません。
建物の構造上、富士山を綺麗に望めるのは「北西向きの高層階（概ね8階以上）」に位置する客室に限られます。南側向きの客室は三島駅ホームや市街地ビューとなるため、遮るもののない山容を楽しむことはできません。
確実に富士山側の部屋を確保するためのアプローチとして、予約時に「高層階・富士山側希望」の旨を備考欄に記載しておく方法が有効です。部屋指定プランが設定されていない場合でも、ホテル側の部屋割りオペレーションにおいて可能な限りリクエストが考慮される傾向にあります。ただし、当日の稼働状況や天候（雲の発生度合い）に左右される点は念頭に置いておく必要があります。
