結論から述べると、公的な規範において正しい表記(本則)と定められているのは「少しずつ」です。
文化庁が昭和61年(1986年)に告示した『現代仮名遣い』(内閣告示第1号)において、この問題に対する明確な指針が示されています。同告示の「第2(表記の慣例による特例)」では、次のように規定されています。
原則として「じ・ず」を用いて書くものとしつつ、例外的に「ぢ・づ」を用いる語を列挙する中で、副助詞の「ずつ」について「『ずつ』を用いることを本則とし、『づつ』を用いることもできる」と明記されています。つまり、国の基準としては「少しずつ」が第一の正式なルール(本則)であり、「少しづつ」は認められてはいるもののあくまで例外的な扱い(許容)という位置付けです。
このため、公用文表記 ルールや学校教育、新聞・出版などのメディア業界では、すべて本則である「少しずつ」に統一されています。