ホンビノス貝を調理する際、アサリやシジミと同じ感覚で砂抜きを行うと失敗することがある。元々泥底や砂泥域に深く潜って生息しているため、体内に大量の砂を抱え込んでいる個体は少ない。しかし、殻の表面に刻まれた深い溝には細かな泥や海藻の汚れがびっしりと詰まっている。そのため、砂抜き以上に「殻の表面をたわしで強力に洗い流す」作業が不可欠となる。
砂抜きを行う場合は、海水に近い「3%程度の塩水」（水1リットルに対して食塩約30グラム）を用意する。バットに網を敷き、貝同士が重ならないように並べたら、暗く涼しい場所に2時間から3時間ほど静置する。浸透圧が合わない真水に浸すと貝が弱って旨味成分である琥珀酸やアミノ酸が逃げ出してしまうため注意したい。また、加熱しすぎると肉質がゴムのように硬くなる性質があるため、殻が開いた瞬間に火から下ろすか一度取り出すのが、柔らかくジューシーに仕上げるプロの極意だ。
