横浜第二合同庁舎の住所は「神奈川県横浜市中区北仲通5-57」に位置し、横浜ベイエリアの主要駅からのアクセス性に極めて優れています。
最大の強みは、みなとみらい線「馬車道駅」に直結(4番出口・万国橋口方面)している点です。雨天時でも傘を差すことなく、地下通路からそのまま庁舎入口へアクセスできます。また、JR根岸線・横浜市営地下鉄ブルーラインの「桜木町駅」からも徒歩約8分、同「関内駅」北口からも徒歩約10分と、複数路線から徒歩圏内です。
一方、車でのアクセスを検討している場合は注意が必要です。庁舎敷地内には来庁者用の駐車スペースが設けられていますが、行政手続きや納品・公用車用の台数が中心であり、一般来訪者の駐車可能台数は限られています。満車時は周辺の有料コインパーキングを利用することになりますが、北仲通・みなとみらい周辺の駐車場料金の相場は平日昼間で30分300〜400円、最大料金設定も1,500〜2,500円程度と都市部特有の価格帯となっています。