アピオスを扱う上で絶対に守るべきルールが「完全加熱調理」です。アピオスを含むマメ科植物の生の状態には、タンパク質の消化を阻害する「トリプシン・インヒビター」や、赤血球を凝集させる「植物性レクチン」などの抗栄養素が含まれています。
加熱が不十分な半生状態で摂取すると、激しい吐き気、嘔吐、急性胃腸炎症状を引き起こす危険性があります。中心部まで熱がしっかり通るよう、最低でも15分以上の茹で時間や蒸し時間を確保することが必須条件です。
また、大豆やピーナッツなどのマメ科アレルギーを持つ人は、アピオスに対しても交差反応によるアレルギー症状（口内のイガイガ感、じんましん、喉の腫れ、息苦しさなど）を起こすリスクがあります。初めて食べる際はごく微量を口にし、体調に変化がないか確かめるステップを踏んでください。
