ジェットスターを利用する上で、まず把握すべきはオンラインチェックインの受付期間と締め切り時間です。国内線と国際線ではシステム上の受付枠が大きく異なっており、時間を1分でも過ぎるとシステムが自動的に締め切られ、当日空港カウンターでの救済が難しくなる厳格な運用が敷かれています。
ジェットスター・ジャパン（GK便）をはじめとする国内線の場合、出発予定時刻の7日前（168時間前）から出発35分前まで手続きが可能です。一般的な大手航空会社（FSC）が24時間前からの受付を開始するのに対し、1週間前から事前に発行できる点は大きな利点と言えます。往復旅行の日程が7日以内であれば、出発前に復路のチェックインまで一括で完了させることも可能です。
一方、ジェットスター航空（JQ便）やジェットスター・アジア（3K便）を含む国際線においては、受付期間が出発予定時刻の48時間前から2時間前（一部路線は3時間前）までと短縮されます。国際線ではパスポート情報の照合や渡航先国のビザ要件確認が絡むため、国内線よりも締め切りがシビアに設定されている点に留意しなければなりません。
また、締め切り時間は「チェックイン手続きが完全に完了した時間」を指します。通信環境の不具合や入力遅延により、手続き途中で締切時刻を跨いでしまうとエラーとなり搭乗できなくなるため、最低でも出発予定時刻の1時間前（国際線は3時間前）までに済ませておくのが現場における鉄則です。
