シスイの強さを語る上で外せないのが、万華鏡写輪眼を開眼した者の中でも極めて特異な瞳術「別天神（ことあまつかみ）」です。この術の最大の脅威は、対象者に幻術にかかっている自覚を一切与えずに、術者の意図通りに思考や行動を上書きできる点にあります。通常の幻術であればチャクラの乱れや違和感で看破される可能性がありますが、別天神にかかった者は「自らの確固たる意志でその行動を選択している」と信じ込むため、防御も解除も実質的に不可能です。
その絶大な効力ゆえに、千手柱間のチャクラ（細胞）を持たない通常の忍が使用する場合、一度発動すると次の使用までに十数年のインターバルを要するという過酷なリスクが課せられていました。作中では後にダンゾウが五影会談でミフネを操るために右目を使用し、イタチに託された左目はカラスに移植され、第四次忍界大戦においてイタチ自身にかかった穢土転生の縛りを上書きして解くという決定的な役割を果たしました。
また、原作漫画本編では披露される機会がなかったものの、原作者・岸本斉史氏が完全監修・デザインを手がけたゲーム『NARUTO -ナルト- 疾風伝 ナルティメットストームレボリューション』などの公式メディアでは、シスイ専用の緑色の「スサノオ」が登場しています。胸部を展開して無数のチャクラ針を放つなど、機動力と殲滅力を兼ね備えた苛烈な戦法は、彼が生前どれほどの潜在能力を秘めていたかを物語っています。
