館内には性格の全く異なる2つの主要ホールが備えられており、鑑賞するジャンルによって求められる体験が明確に分かれています。
音楽専用ホールとして設計された三鷹市芸術文化センター 風のホールは、客席のキャパ収容人数が625席（1階481席、2階バルコニー144席）という中規模サイズです。木材の温もりを基調としたシューボックス（靴箱）型を採用しており、座席表を確認すると1階席の前方から後方にかけて緩やかな傾斜が設計されています。舞台上の演奏者との距離が非常に近く、どの位置からでも明瞭な視界が確保されているのが特徴です。実際の座席の見え方を検証すると、1階中通路より後方の席であってもステージ全体が自然なアイレベルに収まり、指先の細やかな動きまでしっかりと捉えることができます。ただし、2階サイドバルコニー席の前寄りでは、舞台の一部が見切れやすいため、全体のバランスを俯瞰したい場合は2階正面ブロックの確保が推奨されます。
一方、多目的小ホールである三鷹市芸術文化センター 星のホールは、演劇、コンテンポラリーダンス、落語会「三鷹寄席」などに特化した空間です。可変式の客席システムを採用しており、公演形態によって最大250席前後までレイアウトが変化します。客席と舞台の境界が極めて近く、演者の細やかな表情の揺らぎや衣装の擦れる音、息遣いまでもがダイレクトに伝わる圧倒的な没入感が最大の強みです。最後列に座った場合でも小劇場特有の一体感が損なわれることはありません。
