ネット上の情報で誤解されやすいのが、「新潟市マンガ・アニメ情報館に行けば新潟マンガ文化のすべてが見られる」という思い込みです。先述の通り、同館は「アニメ制作や商業エンタメ」に重心を置いており、手描きマンガの作画体験や過去の膨大な名作マンガの読書を楽しみたい場合は、古町にある「新潟市マンガの家」をセットで訪れる必要があります。
もう一つの盲点は、アクセスと駐車場の料金体系です。JR新潟駅万代口からは徒歩約10〜15分と徒歩圏内ですが、悪天候時や荷物が多い場合は、新潟駅バスターミナルから発着する路線バス（「万代シテイ」下車すぐ）の利用が賢明です。
車でアクセスする場合、万代シテイ提携駐車場（万代シテイ第一・第二駐車場など）を利用できますが、常設展のチケット購入のみでは駐車券の無料認証サービスを受けられない場合があるため注意が必要です。BP2内の商業店舗での買い物や、ミュージアムショップでの限定グッズ販売の購入金額と合算して駐車割引を受けるのが失敗を防ぐポイントです。
