資料館内部は第1室から第6室までのテーマ別構成となっており、動線に沿って歩くことで、平和な学園生活から戦場の地獄、そして戦後の沈黙と祈りへと至るドラマを順を追って体感できるよう設計されています。
展示のハイライトとなる各室の特徴は以下の通りです。
- 第1室（ひめゆりの青春）：戦前の校風や、合唱・スポーツに打ち込む生徒たちの写真、愛用のノートやオルガンが展示され、ごく普通の明るい少女たちであった日常が描かれます。
- 第2室（戦場への道・陸軍病院）：南風原の人工壕を原寸大で再現したジオラマ。湿気と暗闇、悪臭が漂っていた過酷な医療現場の環境がリアルに迫ります。
- 第3室（解散命令と死の彷徨）：砲撃に追われ、逃げ場を失っていった南部撤退の悲劇を詳細な証言マップとともに展示。
- 第4室（鎮魂の空間）：亡くなった生徒・教師全員の遺影と氏名が壁一面に掲げられた、最も厳かな空間。一人ひとりの生きた証と向き合います。
- 第5室・第6室（生存者の証言と平和への誓い）：生還した元学徒たちが沈黙を破り、後世へ語り継ぐ決意を固めたインタビュー映像が常時上映されています。
見学に必要な所要時間の目安は標準で約60分〜90分です。展示パネルのテキストや生存者の手記を丁寧に読み込み、証言映像（約15分〜20分）を視聴する場合は、120分程度の余裕を持ったスケジュールを組むのが理想的です。混雑状況としては、平日の午前中から14時頃にかけて修学旅行やツアー団体が集中しやすいため、比較的静かに鑑賞したい場合は開館直後の9:00〜10:00または15:30以降の夕方枠が狙い目となります。
