事態が大きく動いたのは、発生から2年7か月が経過した2026年4月23日のことでした。単独で捜索を続けていたボランティア男性が、キャンプ場から東に約600メートル離れた山中の枯れ沢付近で、人骨の一部（頭蓋骨の一部）を発見し警察に通報しました。
山梨県警が周辺を再捜索した結果、以下の遺留品や人骨が次々と確認されました。
- 発見された遺留品：美咲さんが履いていたものと同型・同色（エメラルドグリーン）の「ニューバランス製20cmのスニーカー」（左右両方）、靴下、ハイネックの衣服片
- 発見された人骨：側頭骨、肩甲骨の一部など複数の骨
山梨県警による科警研でのミトコンドリアDNA型鑑定および核DNA型鑑定の結果、発見された骨のDNA型が小倉美咲さんのものと完全に一致。2026年5月14日、警察は美咲さんが死亡したと判断したことを公表しました。
山梨県警は事件と事故の両面から慎重に捜査を進めましたが、発見された骨に刃物等による損傷痕は見られず、第三者が関与した明確な物証は得られませんでした。現在も正式な事件事故の最終区分について捜査資料の精査は続けられているものの、山中で道に迷い、足場の悪い枯れ沢付近で滑落・低体温症に陥った可能性が極めて高いとみられています。
