ゲームプレイの根幹を支える要素として、プレイヤーが直面する現実的な問題がメガストーンの入手方法です。従来のシリーズにおけるメガストーン収集は、特定の時間帯（ゲーム内時間の20時〜21時など）に特定マップの日陰を探し回る作業や、クリア後のバトル施設で膨大なバトルポイント（BP）と引き換えるハードルの高い仕様が中心でした。
しかし、舞台がミアレシティ単一の巨大都市に特化された『ポケモンレジェンズZA』においては、探索と資源収集のシステムが劇的に変化することが確実視されています。ミアレシティの再開発という世界観に即し、都市の地下水路、高層ビルの建設現場、あるいは歴史的な遺構などを立体的に探索する中で、メガストーンの原石を発掘・精錬するような「クラフト・調査型のアプローチ」が組み込まれる公算が大きいです。
また、メガシンカを発動するために不可欠な「キズナ」の表現手法も、従来の単なるアイテム所持から、ポケモンとのタスク達成や親密度アクションへと深化することが予想されます。都市の治安維持や再開発ミッションをこなす過程で、パートナーポケモンとの信頼関係が数値化され、それによってメガシンカの持続時間や能力解放率が変化するような、アクション性の高いメカニクスへの進化が期待されています。
