松山南高校の最大の強みといえるのが、文部科学省から指定を受け続けている松山南高校スーパーサイエンスハイスクール事業です。長年のSSH指定実績により、探究活動や科学研究のノウハウは全国トップクラスを誇ります。生徒自身が課題を設定して研究を進める課題研究発表会では、国際大会や全国規模のコンテストで数多くの受賞歴を重ねています。
この先進的な教育環境は、確かな進路実績へと結びついています。松山南高校大学進学実績では、愛媛大学への合格者が毎年100名を超える規模に達するだけでなく、大阪大学、京都大学、九州大学、神戸大学、広島大学、岡山大学といった難関国公立大学へ多数の現役合格者を輩出しています。
さらに近年広がる総合型選抜や学校推薦型選抜においても、SSHで培った高度なプレゼンテーション能力や研究実績が圧倒的な武器となり、難関私立大学（早慶上理、MARCH、関関同立）への合格実績を大きく伸ばしています。
