訪問計画を立てるうえで重視すべきは、営業時間とピーク時の混雑状況の把握です。東山スカイタワーの開館時間は9:00〜21:30（最終入館21:00）となっており、動植物園本体（16:50閉園）よりも夜遅くまで営業しています。
混雑のピークは、土日祝日の13:00〜15:30（動植物園の利用客が流れてくる時間帯）と、日没前後の17:30〜19:00（夜景鑑賞・ディナー利用）に集中します。エレベーターの搭乗待ち列が長くなる傾向があるため、混雑を避けるなら平日の夕方や、休日であれば19:30以降の遅めの時間帯が狙い目です。
交通アクセスについては、地下鉄東山線「東山公園駅」または「星ヶ丘駅」からの所要時間が徒歩約15分です。植物園エリアを通り抜けて向かうルートは自然散策に適していますが、タワー直行の場合は星ヶ丘駅側からのアクセスが勾配も比較的緩やかで歩きやすいルートとなります。車を利用する場合、東山動植物園・スカイタワーの駐車場（普通車1回800円）はタワー直近の「スカイタワー前駐車場」が便利ですが、収容台数に限りがあるため、行楽シーズンの休日は午前中の早い段階で満車になるケースが散見されます。
