過酷な忍の世界を描く本作において、主要人物の死は物語の大きな転換点となりました。多くのファンに衝撃を与えたナルト疾風伝 死亡キャラの真相には、各キャラクターの強い信念が込められています。
木ノ葉の伝説の三忍・自来也は、雨隠れの里に単独潜入した際、かつての教え子であるペイン六道と交戦し、命と引き換えにペインの正体に関わる暗号を残して水底へと沈みました。また、第四次忍界大戦で最も読者に衝撃を与えたのが日向ネジの戦死です。十尾が放った広範囲の「木遁・挿し木の術」から、ナルトとヒナタの命を守るための肉の盾となって命を落としました。
一方、熾烈を極めたナルト疾風伝 忍界大戦 生存者の顔ぶれを見ると、木ノ葉の同期組（ナルト、サスケ、サクラ、シカマル、チョウジ、いの、キバ、シノ、ヒナタ、リー、テンテン）の多くが生き残り、五影たちも大蛇丸の加勢や綱手の治療によって壊滅的被害から奇跡的な生還を果たしています。
