植物ホルモンや色素形成のメカニズムにおいて、スイカの果肉が赤くなるのは「リコピン」、黄色くなるのは「キサントフィル」や「ベータカロテン」といったカロテノイド系色素の沈着によるものです。
果肉が白いスイカが純白を保つ理由は、カロテノイド生合成経路における特定酵素の働きが抑制される劣性遺伝に起因します。色素を作り出すプロセスが働かないため、糖分やアミノ酸がしっかり果肉に蓄積して完熟を迎えても、色は白いまま保たれます。
また、外皮が白い品種に関しても、果皮表面の葉緑素（クロロフィル）生成が遺伝的に抑えられていることが判明しています。決して未成熟や栄養不足による白化現象ではなく、長年の交配選抜と植物遺伝の妙によって誕生した、完全な完熟状態の結晶なのです。
