花の窟神社が「日本最古の神社」と称される根拠は、西暦720年に編纂された『日本書紀』神代上の一節に明確に記されています。そこには、イザナミが亡くなった後、「紀伊国の熊野の有馬村に葬りまつる」とあり、土地の人々が季節の花を供え、歌や舞で神を祀った様子が克明に描かれています。
一般的な神社に見られる木造の本殿や拝殿は存在せず、巨大な岩壁そのものを御神体（磐座）として直接祈りを捧げる様式は、社殿建築が普及する以前の原初的なアニミズム信仰の形態をそのまま残しています。
2004年に「紀伊山地の霊場と参詣道」としてユネスコ世界文化遺産に登録されて以降、熊野三山（熊野本宮大社・熊野速玉大社・熊野那智大社）を巡る熊野古道巡礼の最重要拠点の一つとして、国内外から多くの巡礼者が祈りを捧げに訪れています。
