日枝久氏の経営手腕が最も試されたもう一つの歴史的局面が、2005年のライブドア事件です。当時、堀江貴文氏率いるライブドアが、フジテレビの筆頭株主であったニッポン放送の株式を時間外取引で大量取得し、フジサンケイグループへの敵対的買収を仕掛けました。
この前代未聞の事態に対し、日枝会長（当時）は電光石火の防衛策を指揮。ソフトバンク・インベストメント（現SBIホールディングス）への新株予約権付与や、大手金融機関との連携を通じて買収工作を阻止しました。最終的に和解を成立させ、ニッポン放送を完全子会社化することに成功したのです。
この事件を契機に、日枝氏は放送と通信の融合時代を見据え、2008年に日本初となる認定放送持株会社株式会社フジ・メディア・ホールディングス（FMH）の設立を主導しました。テレビ放送事業の単一リスクをヘッジするため、サンケイビルを中心とする都市開発・観光事業などの多角化を推進し、安定した収益基盤を構築した点は、現在もビジネスモデルの観点から高く評価されています。
