巨大な行政機構を機能させるため、内部部局と外局が緊密に連携する組織体系が敷かれています。本省の内部部局には、国土のグランドデザインを描く「総合政策局」や「国土政策局」をはじめ、事業分野ごとに専門特化した局が配置されています。
物流網の要となる高速道路や国道を管理・整備する「道路局」、国際競争力の強化や羽田・成田・関西などの拠点空港運営、ドローン・空飛ぶクルマの運航基盤を整備する「航空局」、港湾物流を司る「港湾局」、治水・利水と土砂災害対策を担う「水管理・国土保全局」、そして建築基準や住宅政策を統括する「住宅局」や「鉄道局」「自動車局」などが連なります。
さらに見逃せないのが、専門性の高い実動部隊として配置されている外局の存在です。訪日外国人旅行者の誘致や地域観光資源の磨き上げを主導する「観光庁」、日々の天気予報や線状降水帯予測、緊急地震速報の配信を行う「気象庁」、そして日本の領海警備と海難救助を一手に引き受ける「海上保安庁」がこれに該当します。これら多岐にわたる部局が一体となって、平時の経済発展と有事の危機管理を支えています。