参拝の証として授与される深川不動堂 御朱印や深川不動堂 お守り 種類も、現代のニーズに即した多彩な展開がなされています。
御朱印は、本尊「不動明王」の墨書きと梵字の宝印が押された基本の御朱印をはじめ、ご縁日限定の金泥御朱印や季節限定の切り絵御朱印などが授与されています。納経所（寺務所）は本堂を入って左手にあり、混雑時でもシステマティックに対応されているため、待ち時間は比較的スムーズです。
また、授与品コーナーで高い支持を集めているお守りは以下の通りです：
- クリスタル守り：祈りの回廊を象った透明感のある美しいお守りで、心願成就・開運のシンボルとして女性を中心に人気。
- 梵字御守・身代わり守り：不動尊の梵字が刻まれ、事故や災難から身代わりとなって守護してくれる定番の厄除け守り。
- 交通安全ステッカー・キーホルダー：成田山別院としての伝統を継承する強力な交通安全祈願の授与品。
- 願い札（護摩木）：護摩壇に直接投入される木札で、身体健全・商売繁盛・良縁成就など自らの手で祈願内容を書き込める（初穂料：1本数百円）。
