『斉木楠雄のΨ難』のエンディングを理解するうえで外せないのが、「週刊少年ジャンプ本誌での最終回」と「ジャンプGIGAでの完結編」の2部構成となっている点です。この仕掛けこそが、読者に大きな驚きと爽快感をもたらしました。
物語のクライマックスは、楠雄が長年タイムリープを繰り返して防ぎ続けてきた「御呂地岳（おろちだけ）の噴火による日本壊滅」の阻止です。楠雄は天才発明家である兄・斉木空助と協力し、自身の超能力を永久に封じる新薬とデバイスを開発。すべての能力を使い果たしてマグマを完全に冷却し、日本の破滅を食い止めることに成功しました。
週刊少年ジャンプ2018年14号に掲載された第279χ（コミックス26巻収録の本誌最終話）では、能力を失い「ただの高校生」となった楠雄が描かれます。翌朝、窓に張り付いた虫に驚いた瞬間、なぜか窓ガラスが粉々に割れるという不穏なカットで幕を閉じ、「能力は本当に消えたのか？」という強烈な引きを残して本誌連載は終了しました。
その後、季刊誌『ジャンプGIGA 2018 SUMMER』vol.1およびvol.3にて、ファン待望の後日談である完結編（前編・後編）が掲載。ここで描かれた展開こそが、本作の真のフィナーレとなります。
