『天国へのカウントダウン』が他の劇場版と一線を画す最大の要因は、如月峰水による「個人の怨恨劇」の裏で、コナンたちの宿敵である黒の組織（ジンとウォッカ）が独自の目的で並行して冷徹に暗躍していた点にあります。
黒の組織がツインタワービルに狙いを定めた理由は、ビルの電気室やコンピュータ室、連絡橋を爆破して物理的に証拠を抹消することでした。その標的となったのが、ツインタワービルの専務取締役であり、優秀なゲームプログラマーでもあった原佳明です。
原はかつて黒の組織にハッカー・技術者として関与していましたが、組織を裏切り、機密データを持ち出そうと試みていました。それに勘づいたジンは、原の自宅に先回りして彼を射殺。さらに、原がツインタワービルのメインフレームに組織のデータを送信・バックアップしている可能性を完全に排除するため、ツインタワーの地下電気室および40階のコンピュータ室を時限爆弾で一斉爆破し、情報ごと灰燼に帰す作戦を決行しました。
さらにジンたちの動きを加速させたのが、灰原哀（シェリー）の行動でした。哀は、組織に殺害された最愛の姉・宮野明美が生前に借りていた隠れ家のマンションへ、深夜密かに電話をかけ続けていました。留守番電話に残る「姉の20秒ほどの声」を聞くためだけに危険を冒していたのです。この不自然な長電話の電波を組織側に逆探知され、ジンは「シェリーがツインタワービルのオープニングパーティーに現れる」と確信。パーティー会場にいる客ごと吹き飛ばし、シェリーを確実に抹殺しようと罠を仕掛けました。
会場にいた鈴木園子が髪型をウェーブ（当時の哀のシルエットに酷似）に変えていたことで、ジンにスナイパーライフルで狙撃されかける緊迫のシークエンスは、組織の冷酷さとコナンの咄嗟の機転がぶつかり合う屈指のサスペンスシーンとなっています。
