近年の臨床ガイドラインでは、抗生物質を出す際に最初から耐性乳酸菌（耐性整腸剤）を組み合わせるアプローチが一般化している。
普通のビオフェルミンや乳酸菌製剤は、抗生物質と同時に飲むと殺菌されて効果を失ってしまう。しかし、特定の抗生物質に対抗できるよう開発された医薬品用の「耐性乳酸菌製剤（例：ビオフェルミンRやラックビーR）」であれば、抗生物質と一緒に服用しても生き残り、腸内環境の崩壊を最小限に防ぐことができる。2026年の診療現場では、患者の胃腸の強さに合わせて初期段階からこれらをセット処方する予防策が標準化されつつある。
