サービス閉鎖に伴い、最も多くのユーザーが困惑したのがニンテンドーeショップ内に残された未使用残高の扱いだ。任天堂は救済措置として、ニンテンドーネットワークID（NNID）とニンテンドーアカウントを連携させることで、残高を統合・移行する手続きを提供している。2026年の現在においても、この連携を済ませておけば共通の残高として最新のサービスへ引き継ぐことが可能だ。
ただし、手続きには明確な手順と注意点が存在する。NNIDのログイン情報や登録メールアドレスが不明な場合、手続きが滞るリスクがある。残高の引き継ぎ期限やサポート窓口の案内を今一度確認し、放置されたままの口座がないかチェックすることが強く推奨される。すでに新規ダウンロードコンテンツの販売は停止しているため、手持ちの権利と残高の保全が最優先課題となる。
