1549年、フランシスコ・ザビエルによって日本へもたらされたキリスト教は、瞬く間に西日本を中心に広がりを見せた。織田信長の容認もあり、西洋文明の象徴として歓迎された時代があった。しかし、豊臣秀吉のバテレン追放令、そして江戸幕府による強硬な禁教令の公布によって情勢は激変する。
厳しい取り締まりと拷問、密告を奨励するシステムが網の目のように張り巡らされた。日本史における最大級の宗教的転換点である。潜伏者たちは指導者（神父）を失った状態で、村ごとの自治組織を作り、秘伝の教理を世代を超えて受け継ぐ苦肉の策をとった。この苛烈な潜伏環境こそが、後にカトリックの教義から離れた独自の信仰形態を生み出す土壌となった。
