幼少期から現在に至るまで、橋本環奈について最も頻繁に議論されてきたテーマのひとつが「ハーフ・クォーター説」と「カラーコンタクト着用疑惑」です。
太陽光に透かすとヘーゼルナッツのように淡く輝く薄茶色の瞳は、東アジア人としては比較的珍しい特徴です。そのため、デビュー初期から「外国人の血が入っているのではないか」「中学生の頃からカラーコンタクトをつけているのではないか」という憶測が絶えませんでした。しかし、これらは完全に事実無根のデマであることが公式な言動や関係者の証言から確認されています。
本人自身がテレビ番組や記者会見で「父も母も純粋な日本人です」と明言しており、家族のルーツも九州・福岡にあります。眼科専門医や人類遺伝学の知見によれば、日本人の瞳の色は虹彩に含まれるメラニン色素の量で決定されます。一般的に日本人の多くはユーメラニン（黒褐色系）の含有量が多く濃褐色になりますが、一定の割合でフェオメラニン（黄赤色系）の比率が高い、あるいは全体のメラニン沈着が少ない状態で生まれる個体が自然発生します。
この瞳の透明度の高さはコンタクトレンズ業界でも注目を集め、大手コンタクトメーカーが橋本環奈の瞳を忠実に再現・研究して開発したカラーコンタクト（エバーカラーシリーズ等）が商品化されたほどです。幼少期に撮影されたスナップ写真においても、すでにはっきりと透き通るような茶色い瞳が確認できることから、後天的な加工や医療的介入の余地がない完全な天然美であることが証明されています。
