任天堂ファンにとっての聖地である直営オフィシャルストア「Nintendo TOKYO」「Nintendo OSAKA」「Nintendo KYOTO」も外せないスポットです。
Nintendo TOKYO ガチャコーナーでは、任天堂キャラクターのカプセルトイが美しくディスプレイされており、ヨッシー関連アイテムも定期的にラインナップされます。直営店ならではの厳選された品揃えが魅力で、新作の発売タイミングに合わせて立ち寄るファンが多く見られます。
ただし、週末や大型連休などはストア自体の入店整理券が必要になる場合があるほか、国内外から訪れる多くの来場者によって早期に品切れとなるケースもあるため、訪問前の混雑状況チェックが欠かせません。