『魔法少女サイト』の物語を通じて読者を戦慄させ続けた最大の謎が、サイト管理人の正体です。結論から言えば、管理人の正体はステッキを使用して寿命を使い果たした「元魔法少女たち」の成れの果てでした。彼女たちは自らの命が尽きた際、救済されるどころか肉体を異形へと作り替えられ、サイトの管理者システムへ強制的に組み込まれていたのです。
作中において、サイトが家庭内暴力や壮絶ないじめに苦しむ「不幸な少女」だけを選別してステッキを配布していた理由も、極めて合理的かつ非道なロジックに基づいています。精神的に極限まで追い詰められた少女ほど、現状を打破するためにステッキの強力な魔力に頼らざるを得ず、結果として短期間で膨大な寿命（魔力エネルギー）を消費します。不幸な境遇そのものが、エネルギーを急速に吸い上げるための起爆剤として利用されていたわけです。
そして、この搾取サイクルの頂点に君臨していたのが「管理人の王」と呼ばれる黒幕でした。王の目的は、少女たちの命と引き換えに集めた膨大な負のエネルギーを用いて、地球規模の厄災「テンペスト」を引き起こすこと。テンペストによって既存の人類を淘汰し、自らを中心とした新たな生命体系と世界を再構築することが計画の真の狙いでした。管理人たちもまた「テンペストが起きれば新しい世界の支配者になれる」と王に欺かれ、都合のいい尖兵として利用されていたに過ぎません。
