当館の最大のハイライトとも言えるのが、建物の最上階（7階）に設けられたホテルマイステイズ富士山 展望温泉です。泉質はカルシウム・ナトリウム・硫酸塩・炭酸水素塩・塩化物温泉（低張性弱アルカリ性低温泉）で、神経痛や筋肉痛、疲労回復、美肌効果が期待できる天然温泉となっています。
内湯の広々とした窓一面、そして吹き抜ける高原の風を感じられる露天風呂の正面には、遮るもののない富士山の雄姿が広がります。早朝の澄み切った空気の中で赤く染まる紅富士や、夕暮れ時のグラデーションを湯船に浸かりながら堪能できる体験は、同価格帯の周辺ビジネス・シティホテルにはない唯一無二の付加価値です。
なお、ネット上で頻繁に検索されている「ホテルマイステイズ富士山 露天風呂 日帰り」の可否についてですが、展望温泉の大浴場および露天風呂は原則として宿泊者専用の施設となっています。繁忙期や混雑時の宿泊者満足度およびセキュリティを維持するため、外部からの立ち寄り入浴のみのプランは常設されていません。この絶景温泉を味わうためには、宿泊予約または温泉付きのデイユース（客室利用休憩）プランの選択が必要です。
