政府の地震調査研究推進本部（地震本部）が公表する長期評価において、南海トラフ巨大地震の発生確率は時間の経過とともに引き上げられ、「30年以内に80%程度」という極めて切迫した水準を維持しています。プレート境界型地震の発生確率計算に用いられる「時間予測モデル」に基づけば、前回の昭和東南海地震（1944年）および昭和南海地震（1946年）から約80年が経過した現在、いつ次の破壊が起きても統計学的に全く不自然ではない時期に突入しています。
特に専門家の間で懸念されているのが、未破壊領域として残る駿河トラフの断層です。昭和の地震では、紀伊半島沖から四国沖にかけての領域が破壊されたものの、駿河湾の最奥部に位置する駿河トラフ周辺（いわゆる東海地震の想定震源域）の断層面は割れ残ったと評価されています。この地域は1854年の安政東海地震以来、実に170年以上にわたって大規模なプレート境界地震が発生しておらず、地下のひずみ蓄積量は計算上、限界値に達しているとみられています。
最悪のシナリオとして想定されるのが、日向灘、四国沖、紀伊半島沖、そして駿河湾までが一気に連動して破壊される「全域連動型（マグニチュード9クラス）」の発生です。内閣府の防災対策有識者会議が作成した被害想定データでは、最大震度7の激震が広範囲を襲い、関東から九州にかけての太平洋沿岸部には数分から数十分で10〜30メートル超の巨大津波が押し寄せると算出されています。単なる自然現象の予測を超え、日本全体のインフラと経済活動を根底から揺るがす構造的危機として認識されています。
