本作の最大の構造的特徴は、語り手と時間軸が鮮やかに転換する「3部構成」にあります。漱石は新聞連載時（1914年）の緻密なプロット設計により、読者の好奇心を極限まで引っ張るミステリー仕立ての構成を作り上げました。
第一部「上・先生と私」では、青年「私」の純粋な視線を通して、先生という人物の特異な人間性が描かれます。なぜ先生は働かないのか、なぜ人を信じないのか、なぜ毎月墓参りに行くのかという謎が散りばめられ、読者の関心を惹きつけます。
第二部「中・両親と私」では、舞台が青年の実家である田舎へと移ります。死の床にある実父の生々しい肉体的な衰えと、東京の先生への憧憬が鋭く対比されます。実家の財産相続を巡る生々しい現実が描かれる中、先生からの電報と遺書が届き、物語は一気に緊迫感を増します。
第三部「下・先生と遺書」は、作品全体の半分以上を占める圧巻の独白パートです。語り手が「先生」へと交代し、上・中で提示されたすべての伏線が一気に回収されます。青年期の先生が直面した叔父による財産横領の裏切り、Kとの出逢い、そして破滅へのカウントダウンが先生自身の手記という形で赤裸々に暴かれます。
