現地を訪れるドライバーの間で最も誤解が生じやすいのが、コスト構造の設計です。公式発表資料および現地の料金メーター表示によると、丸の内仲通りビル 駐車場 料金の基本体系は以下の通りに定められています。
基本料金は30分毎400円（30分未満は30分に切り上げ計算）。注目すべきは丸の内仲通り 駐車場 最大料金の適用ルールです。一般的なコインパーキングのような「入庫後24時間〇〇円」というフラットな上限設定ではありません。具体的には、入庫から3時間30分〜6時間までは2,800円（固定）が適用されますが、滞在が6時間を超えた瞬間から再び「通常料金（30分400円）」が加算されていきます。そして、滞在が9時間30分に達した段階で次の上限である5,600円（9時間30分〜24時間まで固定）に切り替わるという、極めて変則的な「二段階キャップ方式」が採用されています。
この仕組みを知らずに「6時間30分〜8時間程度」中途半端に駐車してしまうと、2,800円に加えて通常料金が重く加算され、請求額が4,000円〜5,200円近くまで跳ね上がります。「最大料金があるから安心」と思い込んでいると、出庫時の精算機の前で想定外の出費に驚く結果になりかねません。また、丸の内仲通りビル 駐車場 営業時間は07:00〜24:00となっており、夜間の留め置き自体は可能であるものの、営業時間外（24:00〜翌朝07:00）の入出庫作業は一切行えない点にも厳格な注意が求められます。
