「牛乳でお腹を下すのにヨーグルトは平気なのは一体なぜなのか？」という長年の疑問に対する答えは、主に2つの生化学的・生理学的メカニズムに集約されます。乳糖不耐症は、小腸粘膜に存在する乳糖分解酵素「ラクターゼ」の活性が低下し、乳製品に含まれる糖質「乳糖（ラクトース）」をグルコースとガラクトースに分解・吸収できなくなることで生じます。未消化のまま大腸へ流れ込んだ乳糖が浸透圧を高めて水分を引き込み、さらに腸内細菌によって異常発酵してガスを発生させることで、腹痛や水様便を引き起こすのです。
では、なぜヨーグルトではその現象が劇的に抑えられるのでしょうか。第一の理由は、乳酸菌による乳糖低減の仕組みです。ヨーグルトの製造工程において、乳酸菌（ブルガリア菌やサーモフィルス菌など）は牛乳中の乳糖をエサとして取り込み、発酵によって「乳酸」へと変換します。この時点で、原料乳に含まれていた乳糖のおよそ20〜30％があらかじめ分解・減少しています。
第二の決定打となるのが、乳酸菌が自ら保持している乳糖分解酵素（ラクターゼ活性）の存在です。ヨーグルトに含まれる生きた乳酸菌は胃酸で一部死滅しますが、菌体内に保持されていたラクターゼ酵素は失活せずに小腸へと届きます。菌体の細胞膜が胆汁酸によって緩むことで、菌の内部からラクターゼが放出され、ヨーグルトに残存していた乳糖の消化をその場で強力にアシストします。つまりヨーグルトは、「乳糖が少ない」だけでなく、「乳糖を自力で消化するための分解酵素を自前で抱えて胃腸に入ってくる」という極めて優れた自己消化特性を持っているのです。
さらに、牛乳とヨーグルトの違いによる消化吸収スピードも見逃せません。牛乳は胃を短時間で通過して急速に小腸へ到達するため、小腸内のわずかなラクターゼの処理能力を一瞬でオーバーフローさせてしまいます。これに対してヨーグルトは、酸によってカゼイン（乳タンパク質）が凝固した半固形（カード状）の物性を持ちます。胃内滞留時間が牛乳よりも圧倒的に長く、少しずつ小腸へ送り出されるため、限られた体内酵素でも無理なく分解できるのです。
