EXシアター六本木の最大の特徴は、公演形態に応じてレイアウトが柔軟に変化するハイブリッドな空間構造です。スタンディング形式時のキャパシティは最大1,746人（地下アリーナ約1,460人＋2階スタンド席286人）となり、オールスタンディングの熱狂的なライブハウス仕様として機能します。
一方で、演劇やクラシック、着席指定のファンミーティングなどで採用されるシーティング形式（全席指定）時のキャパシティは922人（アリーナ席636人＋2階席286人）です。多目的ホールでありながら、どの形態であってもアーティストの息遣いを感じられる絶妙なキャパシティ設定が、演者とファンの双方から愛される理由となっています。
